同时南方东晋地区的佛教，以庐山的东林寺为中心，主持者慧远。慧远（334—416）早年于儒道学说都有根柢，后从道安出家，对般若性空深造有得。道安入关，分散徒众。慧远在庐山东林寺，率众行道，并倡导念佛法门。

他以江东于禅法无闻，律藏也残缺，令弟子法净、法领等到天竺去寻访。一听到罗什来长安，便致书通好，并就大乘的要义往复问答（后人集为《大乘大义章》），又节录罗什所译《大智度论》为《大智论抄》。他还请佛陀跋陀罗和僧伽提婆等从事经论的传译，对佛教各方面均发生很大的影响。其弟子有慧宝、法净、法领、僧济、法安、昙邕（先曾师事道安）、僧彻、道汪、道祖、慧要、昙顺、昙铣、法幽、道恒、道授等。

东晋时代南方佛教的中心，还有建康道场寺。建康是东晋王朝的首都，佛教又为当地一般士大夫所崇尚，所以那里佛教非常隆盛。如佛陀跋陀罗、法显、慧观、慧严等都以道场寺作根据，宣扬佛教。

佛陀跋陀罗（359—429），迦维罗卫（今尼泊尔）人，于禅法、律藏都有心得，先到达长安，住在宫寺，教授禅法，门徒数百人，名僧智严、宝云、慧睿、慧观都从他修业。

他常和罗什共究法相，咨决疑义，后因和罗什见解相违，引起双方门徒间的龃龉，被罗什的门人所摈，只得和慧观等四十余人南下到庐山。随即应慧远之请，译出《达摩多罗禅经》。他在庐山一年多，更转到建康，住在道场寺。

义熙十四年（418），和慧义、慧严等百余人，传译法领在于田获得的《华严经》梵本，经过两年，译成五十卷（后世作六十卷）。又和法显译出《摩诃僧祇律》等。

慧观（？—453）先曾师事慧远，既而听说罗什到了长安，就从罗什请问佛学，研核异同，详辩新旧。当时罗什称赞他说：“通情则生（道生）、融（道融）上首，精难则观（慧观）、肇（僧肇）第一。”

后来跟随佛陀跋陀罗南下，辗转去到建康，住道场寺。昙无谶所译大本《涅槃》传到建康时，他参与慧严、谢灵运等的修订。

所著有《辩宗论》、《论顿悟渐悟义》等。他又立“二教五时”的教判，把释迦如来一代的教法大别作顿、渐二教，在渐教内更开作三乘别教、三乘通教、抑扬教、同归教、常住教五时。此是中国判教的嚆矢，后来南地的教判，多半拿它来作根柢。