宋初，沙门慧琳，作《黑白论》（又名《均善论》），论儒佛的异同，而和佛理甚相违反，为众僧所摈斥，但何承天却加激赏，把此论送给宗炳评判。宗炳复书，破斥慧琳的异见，遂和承天往复辩难。他更作《明佛论》（又名《神不灭论》），唱导“精神不灭，人可成佛，心作万有，诸法皆空”之说。承天作《达性论》反对说：“生必有死，形毙神散，犹春荣秋落，四时代换。”颜延之又作《释达性论》，说“神理存没，傥异于枯荄变谢。”如是往复论辩达三次。其主要争点都是神灭、不灭义。

到了齐末，又有范缜，作《神灭论》，说“形存则神存，形谢则神灭”；“形之于质，犹利之于刃”；“舍利无刃，舍刃无利，未闻刃没而利存，岂容形亡而神在”。萧琛、曹思文、沈约等和缜往复论难，力主神不灭。后来梁武帝即位，命当代硕学答复范论，当时作答者六十五人，都迎合武帝的意旨，主张神不灭。这是南朝儒佛神灭不灭的论争。

宋末，道士顾欢，以佛道二教互相非毁，于是作《夷夏论》以会通二教，但力持华戎之辩，意在抑佛而扬道。明僧绍作《正二教论》、谢镇之作《折夷夏论》、朱昭之作《难夷夏论》，朱广之作《谘夷夏论》、释慧通作《驳夷夏论》、释慧敏作《戎华论》加以驳斥。

后来刘虬却以为道家的虚无与佛家的修空一揆（见《无量义经序》）；同时司徒中郎张融作《门律》，也以为道家与佛家并无二致，而以道为主，以示汝南周颙，颙复书加以非难，说般若所观法性与老子所说虚无其为寂然不动虽同，而其义旨却大有差别。也往复论辩了几次。

在这时期，还有道士托名张融，作《三破论》，丑诋佛教，说它入国破国，入家破家，入身破身，佛教“不施中国，本止西域”，依然不出《夷夏论》的范围。刘勰又作《灭惑论》、僧顺又作《析三破论》、玄光又作《辩惑论》来反驳。这是南朝佛教和外界的论争。

南朝佛教一般偏尚玄谈义理，所谓“江东佛法，弘重义门”（《续高僧传》卷十七《慧思传》）。又“佛化虽隆，多游辩慧”（同上卷二十《习禅篇》）。在实修方面，只是宋初曾一度有盛传禅法的风气，其流行的区域为建康、江陵及蜀郡。

沙门以专习禅法知名的，有僧印（见《名僧传抄》）、净度、僧从、法成、慧览、法期、道法、普恒（均见《续高僧传》），就中慧览（？—464），即和北地著名的禅师玄高同以“寂观”为世所称，后游西域，从罽宾达摩比丘谘受禅要，回国后在蜀、建康以传授禅法著名。

宋末以后，禅法即衰，只齐、梁间，有宝志（？—514）以修习禅业，受到梁武帝的崇敬。他圆寂后，令葬于钟山独龙埠，并在墓侧立开善寺。后世称为志公。世传他作有《十四科颂》、《十二时颂》、《大乘赞》等（见《景德传灯录》卷二十九），但以上内容似都不外乎唐以后的禅家思想。和宝志同时有傅翕（？—569），义乌人，日间佣作，夜间修禅。梁武帝请他到建康，世称为傅大士，著有《心王铭》（载《传灯录》卷三十，一说后世的伪作）。

其次，这时传戒持斋等佛事渐兴，据传“求那跋摩，于南林寺立戒坛，为僧尼受戒，为震旦戒坛之始”（见《佛祖统纪》卷三十六《法运通塞志》）。在家菩萨戒的授受，这时也已经流行。此外还有诵经、设斋、礼忏、立寺、造像、转读（梵呗）、唱导（宣唱）等佛事活动。齐梁之间，还流行月六斋(六斋日)、八王斋、岁三长斋（三长斋月）等。