天启二年（1622），憨山大师又受请回曹溪。次年，他在南华寺圆寂，临终前曾有僧请他垂一言，他说：“金口所演，尚成故纸，我又何为？”寿七十八岁。

憨山大师法体三天之后依然栩栩如生，面皙唇红，手足绵软，如入禅定。第二年，弟子们将大师的肉身护送到庐山后，因庐山气候阴湿，侍者福善禅师建造了一座塔院，将大师肉身龛安供在塔上。

十一年后，庐山猛虎作乱，五乳峰法云寺处在危险之中。福善禅师怕塔地不安全，就恭敬地请出大师的肉身龛，见护龛有一半被虫蚁侵蚀，因不敢入葬，就照旧封在塔中。

崇祯十三年（1640），岭南弟子陈宗伯、刘起相等受曹溪佛教界的委托，去庐山迎大师归曹溪。当大师肉身护运到梅岭时，正遇到新任广东总镇宋昭明，就命士卒用车载龛，亲自送至曹溪。

宋昭明居士上任后方数月，又来到曹溪。这时护龛的弟子见龛内有罅，就在罅上私自凿了一个小洞窥视，见大师肉身端坐如生，想打开龛室，但心里又犹豫不决。宋昭明知道后，即抽出佩刀，劈开罅龛，看见大师双趺端坐，如在生时一样庄严，指爪头发都在生长，肤色依然鲜红，紫谱罗衣和挂珠还崭新。这时一阵风吹来，衣服忽然如云碎星散，随风飘舞，地方群众把它们掇拾去，作为吉祥的象征。

这时来了一位僧人，他请求要用印度保护肉体的方法来保护大师肉身，征得大众同意后，他就用海南的栴檀香末，涂在大师身上，在外表看来，好似一层油漆一样。这僧人涂毕后，竟自而去。

大师在生时，曹溪的一位善信妇女，她发愿绣制千佛衣一席供奉大师，她怕口气不净，就用黄绢裹口绣制，千佛衣制成后，大师却已入龛，这件千佛衣就藏在宝林库笥里。现在又取出此衣，披在大师肉身上，虽然经过了二十二年，但光彩照人，如新制的一样。

封龛圆满后，弟子们就将大师安置在旧塔院供养，并改号为憨山寺，距离南华寺宝林禅堂的半里地。

弟子们根据供养六祖大师的惯例，每日早晨用热水香汤一盂，熏大师面出汗，又以毛巾拭干，接着和在生时一样，供给饮食，每年还要进行一次沐浴。每到二月和八月，各地佛弟子们上山朝拜憨山大师的肉身，带着敬仰的心情在大师前礼拜发愿，上求佛道，下化众生。四百多年后的今天，大师依然以金刚不坏之身端坐于此。

憨山大师肉身

憨山大师学通内外，著作有：《观楞伽经记》八卷、《楞伽补遗》一卷、《华严经纲要》八十卷、《法华击节》一卷、《金刚经决疑》一卷、《圆觉经直解》二卷、《般若心经直说》一卷、《大乘起信论疏略》四卷、《大乘起信论直解》二卷、《性相通说》二卷（卷上为《百法明门论论义》，卷下为《八识规矩颂通说》）、《肇论略注》六卷、《道德经解》（一名《老子解》）二卷、《观老庄影响说》一卷、《庄子内篇注》四卷、《大学中庸直解指》一卷、《春秋左氏心法》一卷、《梦游诗集》三卷、《曹溪通志》四卷、《八十八祖道影传赞》一卷、《憨山老人自叙年谱实录》二卷等。大师寂后，由门人福善、通炯、刘起相编辑刊行的有《憨山老人梦游集》四十卷（现流通本五十五卷）。这些著作都被收入明方册本《续藏》。

他的思想学说表现在许多方面，并不拘守一宗一派。他最初在南京从无极听《华严玄谈》，继入摄山从云谷学禅。云谷是禅净兼修而又深达华严的大德，憨山大师受他的影响最深。所以他虽是禅门宗匠，而极力倡导禅净一致，尤致意于华严。

憨山大师所度弟子众多，当时的士大夫如汪德玉、吴应宾、钱谦益、董其昌、屠赤水等，都对他非常敬仰。明朝末代皇帝崇祯曾为其作《御赞憨山老和尚法像》云：

者老和尚，何等行状？

撑持法门，已作栋梁。

受天子之钳锤，为佛祖之标榜。

今天是2021年11月15日，农历十月十一，适逢憨山大师圆寂纪念日。大师一生起伏骤变甚巨，从皇太后的激赏荣耀，遽变而成国家“罪犯”，讥谤、牢狱祸害不断。但他一本淡泊守道的初衷，虽处倾覆流离之际，毫无怨尤，心甘情愿地为国为教牺牲奉献。正是此种不执不取而又慈悲济世的精神，造就了一代高僧，令四百年后的我们永久感怀！