玄奘法师患病期间，检校翻经使人许玄备在二月三日曾奏报朝廷：“法师因伤足得病。”到了二月七日，唐高宗敕令中御府派遣医生带着药物前去诊治。中御府当即差遣供奉医人张德志、程桃棒带着药物赶过去。等他们赶到时，玄奘法师已经往生，来不及用药。

当时坊州刺史窦师伦奏报玄奘法师已经往生。唐高宗得知后哀恸伤感，为之罢朝，连声说道：“朕失去国宝了！”在场文武百官无不悲哽流涕。唐高宗说完呜咽不已，不胜悲哀。

第二天，唐高宗又对群臣说道：“可惜啊！朕国内失去玄奘法师一人，可说是释门的栋梁摧折了，众生无人引导了。这何异于苦海还很辽阔，舟船忽然沉没；暗室犹且昏冥，灯炬已然熄灭！”唐高宗说完，仍慨叹惋惜不已。

到了这月的二十六日，唐高宗下敕道 ：“窦师伦所奏玉华寺玄奘法师已经圆寂，丧事所需都由官府供给。”到了三月六日，又有敕令说：“玉华寺玄奘法师既然已经圆寂，译经之事暂且停止。已经译成的经、论，依照旧例由官府派人抄写；其余尚未翻译的经本，都交付大慈恩寺保管，切勿散失。玄奘法师的弟子以及共同译经者，如果原先不是玉华寺的僧人，应回归本寺。”

到了三月十五日，又有敕令说：“玉华寺高僧玄奘法师安葬之日，可允许京城僧尼制作幢幡、伞盖送到墓地。”玄奘法师道茂德高，为圣主所痛惜，所以在其圆寂之后屡次降恩，遍寻古人没有一个是这样的。

这时门人依照玄奘法师遗命，用粗竹盖车，将灵柩送回京师，停放在慈恩寺翻经堂内。弟子几百人哭声动地，京城僧俗也前来哭拜，每天都有成百上千人。

四月十四日将安葬到浐河东岸，京城里的僧尼以及士人百姓都准备了送葬的仪仗，素盖幡幢、涅槃帐舆、金棺银椁、娑罗树等五百多件，陈列在街道，连去接日，悲笳凄惋，响彻穹宇，京城和五百里内各州前来送葬者有一百万多人。

尽管丧事华丽齐整，然而玄奘法师的灵柩仍安放在竹席车中。

东市绢行用三千匹彩帛结成涅槃帐舆，并用华佩装饰，极为殊胜美妙，请示用来安放玄奘法师灵柩。徒众不敢违背玄奘法师的夙愿，谢绝了他们的请求。只把法师的三件法衣和唐太宗所赐的百金衲衣放置在涅槃帐舆上走在前头，竹席车跟在后面，沿途观礼者无不流泪哽咽。当天夜里僧俗留宿墓地守灵者有三万多人。

十五日清晨，安葬完毕，又在墓地举行了无遮大会方才散去。当时天地变色，鸟兽哀鸣，动物尚且如此，人们的悲哀可以悉知了。都说生死爱河渺茫无际，慈悲之舟忽然沉没；漫漫长夜昏暗不明，智慧之灯光芒隐灭。

至总章二年四月八日，唐高宗敕令迁葬玄奘法师墓到樊川北原，并建造塔寺。这是因为法师原来的墓地离京郊太近，禁中常能望见，时或引发皇帝的哀思，所以要改葬他处。至于迁葬的仪式，门徒的哀伤，送葬者的悲恸，痛切之情和当初一样。呜呼哀哉！