湛然大师出生于唐睿宗景云二年（711），常州荆溪（江苏宜兴）人，俗姓戚。大师幼年便超然有迈俗志，其家世业儒，而独好佛法。

唐玄宗李隆基开元十五年（727），大师十七岁时游学浙东。至玄宗开元十八年（730）二十岁，从东阳金华方岩（又作芳岩）学习止观之法，示以天台教门并授以《摩诃止观》等书，于是以居士身份求学于左溪玄朗大师，研习天台宗教义，尽得其学。玄朗大师知为道器，诲以天台教观大旨，其后十余年间专究此学。

到了唐玄宗李隆基天宝七年（748），大师三十八岁，在宜兴净乐寺出家，又至吴越州从昙一律师学律，后于吴郡开元寺讲摩诃止观。

唐玄宗天宝十三年（754）玄朗大师圆寂后，师继其席，于是在东南各地，盛弘天台的教法。当时禅、华严、法相诸宗，名僧辈出，各阐宗风，湛然大师概然以中兴天台为己任，提出无情有性之说，主张木石等无情之物亦有佛性，发展天台教义。时人赞叹说：“荆溪不生，则圆义将永沉矣！”

大师尝谓门弟子曰：“道之难行也，我知之矣。古之至人，静以观其复，动以应其物，二俱不住，乃蹈乎大方。今之人或荡于空，或胶于有，自病病他，道用不振，将欲取正，舍予谁归？”于是祖述所传，撰天台三大部的注释等凡数十万言，显扬宗义，于是台宗复兴。

大师历住兰陵、清凉诸刹，所至之处，四众景从，德誉广被。天宝、大历年间（742—779），玄宗、肃宗、代宗三朝前后征召，都托病固辞。晚年迁天台国清寺，大布而衣，一床而居，以身诲人，耆年不倦。

唐德宗建中三年（782）二月五日，大师语门人曰：“道无方，性无体，生欤死欤，其旨一贯。归骨此山，报尽今夕，汝等各自勉之，要与汝等谈道而诀。夫一念无相谓之空，无法不备谓之假，不一不异谓之中，在凡为三因，在圣为三德。热炷则初后同相，涉海则浅深异流，自利、利人，在此而已，尔其志之！”大师言讫，安详示寂于佛陇道场。世寿七十二，法腊四十三。

湛然大师为天台宗中兴之祖，世称荆溪尊者、妙乐大师，又称记主法师（指湛然大师阐发天台宗之主旨，故大师著有三大部注解，来阐发台宗教义）。大师一生致力于宏扬天台教观，讲说撰写，著作极多。主要著作有《法华经玄义释签》十卷、《法华文句记》十卷、《摩诃止观辅行传弘决》十卷、《止观搜要记》十卷、《止观大意》一卷、《金刚錍论》一卷、《法华三昧补助仪》一卷、《始终心要》一卷、《释签别行十不二门》一卷、《授菩萨戒文》一卷、《维摩经略疏》十卷、《维摩经广疏记》六卷、《止观义例》一卷、《观心补助仪》一卷、《方等忏补助仪》二卷、《华严经骨目》二卷、《文句科》六卷、《止观科》六卷、《治定涅槃疏》十五卷、《法华五百问论》三卷、《三观义》一卷。

大师入室弟子有道邃、普门、元皓、行满、智度、法颙等三十九人最为杰出。第十祖道邃大师传承湛然大师的衣钵，住持国清寺，并与行满共同传法与日僧最澄（返日之后创立日本天台宗，大本山为延历寺，后世称为“天台始觉门”）。

贤首宗名德清凉澄观国师，早年亦尝从湛然受学止观及《法华》、《维摩》等疏。又有翰林学士梁肃，也曾从学教观，深得心要，尝以《摩诃止观》文义弘博，删定为六卷，又述《止观统例》一卷等，其说出入儒释，和宋代理学极有关系。此外从湛然大师受学之士，还有李华等数十人。

北宋开宝年中，吴越忠懿王钱弘俶追谥“圆通尊者”之号。宋元佑初年，永嘉忠法师遣门人扫塔，草棘荒芜不能辨。即案梁氏碑，去大师茔兆百步寻识之，其龛已空，唯乳香一块耳。夜梦玄弼山君谓曰：“昨者天神遣多人，取全身去也，不须犹豫。”于是即旧基建石塔以识之。