宋代一般佛教徒著重修持，故禅净两宗最为流行。宋初，云门和临济并盛于各地（禅家五宗内沩仰数传以后即不明，曹洞与法眼当时也都不振）。

临济宗由风穴（汝州）延沼（896—973）上继兴化存奖（830—888）的系统传承而下。其后各代为首山省念（926—992）、汾阳善昭（947—1024）、慈明楚圆（986—1039）。楚圆的门人黄龙（隆兴）慧南（1002—1069）和杨岐（袁州）方会（992—1049），分别开创了黄龙、杨岐两派（和临济等五宗合称七宗），都盛行于南方。

南宋时，杨岐且进而成为临济的正统。杨岐方会再传为五祖法演（？—104），三传为佛果克勤（圜悟，1063—1135）。佛果克勤曾就云门宗雪窦重显的著作《颂古百则》加以发挥、讲说，门人录成《碧岩录》，为禅学名著。他门下有虎丘绍隆（1077—1136）、大慧宗杲（1089—1163），都在江浙一带活动。大慧提倡看话禅，其影响尤为久远。后来黄龙、杨岐两宗还远传于日本。

云门宗在宋初也很占优势。得香林澄远（？—987）一系再传的雪窦重显（980—1052）著《颂古百则》，大振宗风。仁宗皇祐元年（1049）汴京新创禅院，即是请云门五世的大觉怀琏（1009—1090）去住持的。

其另一系由缘密圆明三传的灵隐契嵩（1011—1072），祖述《宝林传》，反对天台宗所信奉的《付法藏传》之说，而厘定了禅宗的世系为二十八祖，著《禅宗定祖图》、《传法正宗记》及《传法正宗论》。他强调禅为教外别传，一反当时禅教一致的常见。他还针对其时辟佛的议论作了《辅教篇》等。由于他擅长文章，得着仁宗和在朝的官僚们的称赏，他的著述也被许入藏流通，这更加强了云门的宗势。

但到南宋，此宗即逐渐衰微，其传承终于无考。

此外，曹洞宗仅洞山嫡传的云居道膺（？—902）一系，绵延不绝，从六世芙蓉道楷（1043—1118）以后渐盛。再经丹霞子淳（1064—1117）传弘智正觉（1096—1156），提倡默照禅，与看话禅并行。又丹霞子淳一系，在天童如净之后，传入日本。