明代佛教教义的研究，以《楞严经》为最盛。现存明代研究《楞严》的著述，尚有数十种，著名者为真鉴《楞严正脉疏》十卷、德清《楞严通议》十卷、通润《楞严合辙》十卷、智旭《楞严文句》十卷及《玄义》二卷、钱谦益《楞严经疏解蒙钞》十卷、曾凤仪《楞严宗通》四卷等。

《心经》、《金刚经》、《楞伽经》，自明太祖指定为僧徒必须讲习的三经后，注解极多。除宗泐、如玘所释以外，《心经》有宋濂《般若心经解义节要》一卷、真可《心经注解》一卷、德清《心经直说》一卷、李贽《心经提纲》一卷等；《金刚经》有真可《金刚经释》一卷、德清《金刚经决疑》一卷、智旭《金刚经破空论》一卷、曾凤仪《金刚经宗通》七卷等；《楞伽经》有德清《观楞伽经记》八卷、通润《楞伽经合辙》八卷、智旭《楞伽经玄义》一卷及《义疏》九卷、曾凤仪《楞伽经宗通》八卷等。