约在梁天监四年（505，也有说法是在天监七年，即508年），农历的二月十五日于镇江金山寺中，我国佛教史上第一次水陆法会举行。

据记载，梁武帝曾夜梦神僧来访。这位神僧对梁武帝说：“六道众生，受苦无量，何不做水陆普及群灵？诸功德中最为第一。”梁武帝即与宝志禅师一起以《无量威德自在光明如来陀罗尼》施食法为核心，花了将近三年时间制成水陆仪文。并在润州（今镇江）金山寺中，举行了我国佛教史上第一次水陆法会。但那时不叫水陆法会，而叫“无遮大会”“平等法会”等。

隋朝的隋文帝和隋炀帝都崇信佛教，修建了许多寺院。之后随着隋唐之际的战乱，水陆法会逐步衰落，没有了魏晋南北朝时期的兴盛，关于水陆法会的记载也比较少。唐朝时，佛教开始进入迅速发展阶段。中晚唐时，密宗兴盛。无遮大会（水陆法会）与密宗仪轨相结合，再度兴起。晚唐时，水陆画产生。

水陆法会自宋朝开始稳定并广泛发展，开始出现北水陆、南水陆、眉山水陆等版本与形式，并在宋以后很快普及全国，成为战后朝野常行的一种超度法会，全称为“法界圣凡水陆普度大斋胜会”或“天地冥阳无遮均利道场”。

宋代的水陆法会特色有四：一是时间长（少则七天，多则四十九天），二是规模大，三是法事全，四是艺术性强。主题也演变为三个方面：一是追念先祖，二是将功德回施施主，三是普度众生。

根据文献记载，水陆仪轨的编撰比较早的是北宋神宗熙宁年间（1068—1077），东川（今四川三台一带）人杨锷将唐代的《冥道无遮大斋》和梁武帝的《慈悲道场忏法》相结合，撰《水陆仪》三卷，盛行于川蜀地区。对水陆法会的流行、发展起了不少的推动作用。

元代和明代对水陆法会都极为重视。元代延祐三年（1316）和至治二年（1322）都有修设大型水陆法会的记载。元代，英宗至治三年（1323）“敕京师万安、庆寿、圣安、普庆四寺，扬子江金山寺，五台万圣佑国寺，作水陆佛事七昼夜”。其中镇江金山寺修设的水陆法会，参加僧众高达一千五百人，元叟行端禅师就有“朝廷金山做水陆升座”的法语。

明代伊始，因开国皇帝朱元璋的特别出身，他登基后便以朝廷之力极力宏扬佛法，在朝廷大力扶持下，水陆法会不仅规模空前，而且相关的仪轨也予以定型。

据记载，朱元璋于洪武元年至五年（1368—1372），在南京蒋山先后多次修设水陆法会。楚石梵琦、季潭宗泐、来复见心、东溟慧日、梦堂昙噩等大德均曾应邀赴会说法。洪武五年正月所修法会规模最大，太祖曾命宗泐禅师作八曲《赞佛乐章》，君臣共赴法会礼佛。

明代在江、浙之间有“北水陆”与“南水陆”之分，四明所行的南宋志磐续成的《水陆新仪》为“南水陆”，而镇江金山寺的水陆旧仪被称为“北水陆”。明代四大高僧之一的莲池大师弃“北”从“南”，将《水陆新仪》稍加修改后，撰成《水陆修斋仪轨》六卷，风行于世。

清代道光年间，仪润法师依莲池之意，修撰《法界圣凡水陆普度大斋胜会仪轨会本》六卷。咫观法师更继莲池大师《水陆仪轨》增补论述，撰《法界圣凡水陆大斋普利道场性相通论》九卷（略称《鹳园水陆通论》）和《法界圣凡水陆大斋法轮宝忏》十卷。

水陆法会于魏晋南北朝时期在我国首开，其后经历隋唐五代的曲折发展，在宋朝时才形成规模并开始广泛传播，至元明达到鼎盛，清代至民国主要以修撰《水陆仪轨会本》为主。水陆法会以其超度的功能，在中国历史的不同阶段都得到了许多民众的支持，至今已经与中国文化融为一体。