嘉庆二十一年秋，寺毁于火，工程浩大，恢复不易，事为朝廷所知，特赐帑金一万两重修。当地的督府司道也首先倡捐，得银一万一千两。道光元年，汪大临倡议商纲增捐，共得银十万七千两，存库备用。当时的住持仪谦，也向浙东西绅士劝募，前后亦得万两左右。三年，运司宋如林请发存项，大兴土木，又遴选董事负责领款，及购买木石砖瓦各项，悉心经理，遭毁殿宇，次第修复。岁久倾圯的天王殿、罗汉堂，按照旧式，一律鼎新。

不料头山门又在那时为邻火所毁，董事们在捐资重建之外，又买其旁的民居加以拓展，前缭以墙，旁界以弄，比以前更为壮观。这次的修复工程，开始于道光三年的七月七日，落成于八年的四月十六日，共享银十三万七千余两。

十四年夏，阮元为浙江巡抚，刻朱熹、翁方纲等集成，议藏灵隐，因建灵隐书藏，又广集世典储藏其中，用唐人“鹫岭郁岧峣”诗字编号，选灵隐寺僧玉峰、偶然二人按照所订的条例管理，使能永守，阮元自为之记。

其时寺中所藏，尚有宋明教契嵩禅师的上堂槌，宝达照佛镜、印沙床，宋孝宗赐直指堂印，范仲淹所遗床，秦桧斋僧锅，龙文拜石（石长八尺，阔六尺，龙鳞隐见石中），沈周飞来峰图，灵隐山画卷，程嘉燧冷泉亭图，李流芳西湖卧游画册、冷泉红树图，宋天圣八年赐杭州灵隐山景德灵隐禅寺牒，以及董其昌、密云、三峰、谛晖、巨涛、陈鹏年、翁方纲、胡高望、王时敏、张照、梁同书、白松鳞、石韫玉等人墨迹。咸丰十年，太平军入杭州，寺又被毁，仅存天王殿及罗汉堂。偶有流落人间，如沈周灵隐山画卷，我曾于南京某展览会上见到过，当然不可能复还寺中。