公元1649年清顺治六年，具德和尚入院， 立志重建灵隐寺，顺治七年(1650年)动工。

　　公元1657年顺治十四年，清初文学家张岱来灵隐寺造访具德和尚，后在其《西湖梦寻》中追记当时隋景：＂东边一带阂阁精蓝凡九进，客房僧舍有白余问……香积厨中有冶铸三大铜锅，每餐可煮米三担，供食千余人，饭僧之众为诸刹所灵隐寺。三十八年，四十二年，四十四年康熙又三至灵隐都有游记之诗。先后赐金佛一尊，香金五百两，人参两斤，又香金四十两，御书＂禅门法纪＂额，赐御书《金刚经一卷》《心经》一卷，赐寺僧慧辂御书金扇一柄，石砚一方。

　　公元1729年清雍正六年，由总督李卫倡修灵隐寺大雄宝殿、天王殿及诸堂宇楼阁。

　　公元1733年清雍正十一年六月，由朝廷赐帑金五百两整修灵隐寺。

　　公元1741年清乾隆六年，光禄少卿扬州江应庚来游灵隐与住持巨涛一见契合，即捐资重修大雄宝殿及其他殿、堂、阁、轩、楼、亭等数十处；又稿饰五百罗汉，修理河涧桥、龙泓洞、鹫峰径等。经历三年，至乾隆九年(1744年)用费二万余两。

　　公元1751年春乾隆十六年，弘历六到灵隐，御题觉皇殿额为＂鹫岭龙宫＂；题直指堂额为＂涌翠披云＂。至今灵隐寺天王殿前还立有御碑亭。

　　公元1775年乾隆四十年，由布政使暨司道各府捐金全面整修灵隐寺，费工三万多人，耗资九千二百余两。

　　公元1776年乾隆四十一年，灵隐寺年久失修，捐款修葺，寺僧五百余人，又无田产，食用浩繁。时布政使徐恕与道司各府命灵隐寺代管天竺，以天竺香火钱资褊灵隐寺斋粮的不足。

　　公元1816年清嘉庆二十一年，八月二十九日大殿又毁火，并延观音殿，工程浩大，恢复不易，事为朝廷所知，特赐帑金一万两重修。富绅汪大临、金肇新等捐资十万七千两，由住持仪谦不避风雨寒暑，沿街拜经叩募并主持重建。

　　公元1823年清道光三年七月，灵隐寺开始重修天王殿，罗汉堂所有遭毁殿宇全面修复，在重建过程中，头山门为邻火所毁，又由富商捐资买下头山门旁氏宅加以拓展＂前缭以墙，旁界以弄＂比以前更为壮观。全部工程于道光八年（1828年）四月竣工，共用银十三万七千两，使灵隐寺＂还灵鹫之壮观，复名山之胜景＂。

　　公元1834年清道光十四年夏，浙江巡抚阮元刻朱熹、翁方纲等集成，在灵隐寺建藏书楼，广集世典和历代文物，经卷书画等。用唐人＂鹫岭郁岩峡＂诗字编号，并选寺僧玉峰、偶然两人管理，使能永守。阮元自为作记。

　　公元1860年清咸丰十年，太平军入杭州，灵隐寺又被毁，仅存天王殿和罗汉殿，寺中所藏散失无遗。

　　公元1862—1875年清同治年问，住持贯通重建联灯阁、大寮、慧日塔院。

　　公元1902年清光绪二十八年，住持昔征在直指堂遗址建大悲阁，直至光绪三十四年(1908年)陆续修建了库房等。

　　公元1910年清宣统二年，住持昔征在垄断洋务的买办官僚盛宣怀的支持下，将原拟修建北京颐和园的美洲红松运到杭州重建大雄宝殿，高十三丈五尺。